Hualqui fue fundada el 24 de octubre de 1757 por el Gobernador del reino de Chile don Manuel de Amat y Junient, ingresando a las páginas de la Historia con los Lavaderos de Oro de Pedro de Valdivia en Quilacoya.

Su historia comienza en 1552, específicamente, en el territorio que en la actualidad se conoce como Quilacoya. En aquel año el Gobernador don Pedro de Valdivia, descubrió ricos lavaderos de oro en la parte superior del río que baña aquel sector, estableciéndose un asiento de minas.

Según Góngora y Marmolejo (1969) en "Historia de Chile desde su descubrimiento hasta 1575"

"(...) minas muy ricas eran éstas, las de Quilacoya; que en las unas y otras traían 800 indios sacando oro: y para seguridad de los españoles que en las minas andaban, mandó (Pedro de Valdivia) hacer un fuerte, donde pudiesen estar seguros con el oro (...)"

Con la muerte de Valdivia, el fuerte fue abandonado y la extracción de oro fue detenida, aunque por poco tiempo. Sin embargo, el trabajo de lavado se acabó por completo pronto de haberse vuelto a realizar, pues se llegó al agotamiento de la vetas.

En 1560 García Hurtado de Mendoza ordenó construir un fortín sobre la barranca del río al sur del pueblo de Talcamávida, como resguardo al fuerte de Quilacoya, con la finalidad de proteger el trabajo de las minas de oro. Sin embargo, éste fue destruido en la sublevación de 1655. Posteriormente Porter y Casanate lo hizo reconstruir.

En 1724 El Gobernador de Chile Gabriel Cano de Aponte decidió trasladar el fuerte de Arauco a donde actualmente se ubica la comuna. Esto se concretó en 1756, durante la gobernación de Manuel de Amat.

Un año después, el fuerte es elevado al rango de villa con el nombre de Villa San Juan Bautista de Hualqui, siendo aprobada por real cédula el 24 de octubre de 1757, fecha oficial de la fundación de Hualqui y cuya población, estaba constituida sólo por soldados y sus familias. (Diccionario Geográfico de la República de Chile, 1899 de Asta-Buruaga y Cienfuegos).

La Villa de San Juan Bautista de Hualqui es nombrada capital del partido de Puchacay en 1786, esto hasta que las casas de los concejiles son trasladadas a Concepción por orden de la intendencia, en 1799. (Diccionario histórico y geográfico de la Araucanía de Juan Valderrama de 1927)